COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-13 17:00:00 3.435226 3.435226 3.161083
2021-07-12 17:00:00 3.948070 3.948070 3.061263
2021-07-11 17:00:00 3.542415 3.542415 2.952236
2021-07-10 17:00:00 2.918552 2.918552 2.829999
2021-07-09 17:00:00 2.829401 2.829401 2.709457
2021-07-08 17:00:00 3.126682 3.126682 2.596683
2021-07-07 17:00:00 2.417714 2.417714 2.480668

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-13 17:00:00 2.718287 2.718287 2.613886
2021-07-12 17:00:00 0.000000 2.935943 2.645854
2021-07-11 17:00:00 1.574307 1.574307 2.591598
2021-07-10 17:00:00 1.812367 1.812367 2.597434
2021-07-09 17:00:00 2.846975 2.846975 2.562038
2021-07-08 17:00:00 5.163330 5.163330 2.559244
2021-07-07 17:00:00 3.424658 3.424658 2.555692

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-13 17:00:00 1.282051 1.282051 2.849208
2021-07-12 17:00:00 0.000000 0.000000 2.830959
2021-07-11 17:00:00 4.065041 2.314815 2.908108
2021-07-10 17:00:00 4.000000 4.000000 3.076714
2021-07-09 17:00:00 2.880658 2.880658 3.065420
2021-07-08 17:00:00 6.048387 6.048387 3.273797
2021-07-07 17:00:00 5.286344 5.286344 3.341638

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-13 17:00:00 2.243270 2.243270 2.107795
2021-07-12 17:00:00 1.664533 0.726663 2.027266
2021-07-11 17:00:00 4.268775 4.268775 1.991117
2021-07-10 17:00:00 1.019758 1.019758 2.032629
2021-07-09 17:00:00 2.683063 2.683063 1.963675
2021-07-08 17:00:00 2.968664 2.968664 1.917097
2021-07-07 17:00:00 2.027748 2.027748 1.883488

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-13 17:00:00 4.194941 4.194941 6.884420
2021-07-12 17:00:00 8.185053 8.185053 6.823376
2021-07-11 17:00:00 5.701754 5.701754 6.835781
2021-07-10 17:00:00 7.639142 7.639142 6.881733
2021-07-09 17:00:00 9.572215 9.572215 6.855216
2021-07-08 17:00:00 7.681366 7.681366 6.766229
2021-07-07 17:00:00 11.298207 11.298207 6.721138

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-13 17:00:00 4.782882 4.782882 6.357669
2021-07-12 17:00:00 14.285714 8.526012 6.167312
2021-07-11 17:00:00 7.724252 7.724252 6.007597
2021-07-10 17:00:00 7.328244 7.328244 5.829685
2021-07-09 17:00:00 6.966925 6.966925 5.652150
2021-07-08 17:00:00 6.791908 6.791908 5.465155
2021-07-07 17:00:00 4.108681 4.108681 5.244066

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-13 17:00:00 1.240695 1.240695 1.893408
2021-07-12 17:00:00 5.821918 5.821918 1.880166
2021-07-11 17:00:00 0.657895 0.657895 1.889653
2021-07-10 17:00:00 1.832461 1.832461 1.879339
2021-07-09 17:00:00 0.463594 2.229508 1.922482
2021-07-08 17:00:00 2.831595 2.831595 1.937478
2021-07-07 17:00:00 2.455357 2.455357 1.915957

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-13 17:00:00 5.502154 5.502154 5.501878
2021-07-12 17:00:00 7.547170 7.547170 5.287375
2021-07-11 17:00:00 6.278714 6.278714 5.005403
2021-07-10 17:00:00 6.738132 6.738132 4.725622
2021-07-09 17:00:00 3.737542 4.962323 4.466354
2021-07-08 17:00:00 4.444444 4.444444 4.201213
2021-07-07 17:00:00 3.676211 3.676211 3.954514

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-13 17:00:00 1.581278 1.581278 1.342201
2021-07-12 17:00:00 1.090909 1.090909 1.272174
2021-07-11 17:00:00 2.042419 2.042419 1.214783
2021-07-10 17:00:00 1.300650 1.300650 1.128980
2021-07-09 17:00:00 1.228324 1.228324 1.068777
2021-07-08 17:00:00 1.035599 1.035599 1.010895
2021-07-07 17:00:00 1.477105 1.477105 0.956038

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-13 17:00:00 3.135571 3.135571 2.028708
2021-07-12 17:00:00 1.504355 1.504355 1.879605
2021-07-11 17:00:00 2.981159 2.981159 1.774002
2021-07-10 17:00:00 2.003127 2.003127 1.683099
2021-07-09 17:00:00 1.915390 1.915390 1.585772
2021-07-08 17:00:00 1.995915 1.995915 1.497474
2021-07-07 17:00:00 0.885740 0.885740 1.422125

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-13 17:00:00 1.674641 1.674641 3.093954
2021-07-12 17:00:00 2.506964 2.506964 3.011485
2021-07-11 17:00:00 3.516682 3.516682 3.085401
2021-07-10 17:00:00 2.793296 2.793296 3.145741
2021-07-09 17:00:00 2.122905 2.122905 3.173428
2021-07-08 17:00:00 5.172414 5.172414 3.262762
2021-07-07 17:00:00 4.593640 4.593640 3.230341

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-13 17:00:00 0.000000 0.000000 0.695593
2021-07-12 17:00:00 0.854701 0.854701 0.658556
2021-07-11 17:00:00 2.023121 2.023121 0.638623
2021-07-10 17:00:00 0.000000 0.000000 0.594817
2021-07-09 17:00:00 2.427184 0.242718 0.528800
2021-07-08 17:00:00 1.226994 0.306748 0.491986
2021-07-07 17:00:00 2.312139 0.578035 0.455867

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-13 17:00:00 8.612440 8.612440 5.239621
2021-07-12 17:00:00 0.000000 0.000000 5.104312
2021-07-11 17:00:00 3.437500 3.437500 5.013246
2021-07-10 17:00:00 inf NaN 4.831334
2021-07-09 17:00:00 9.677419 9.677419 4.700892
2021-07-08 17:00:00 2.551020 2.551020 4.435034
2021-07-07 17:00:00 3.333333 3.333333 4.147852

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-13 17:00:00 2.087683 0.835073 0.836269
2021-07-12 17:00:00 1.666667 0.428266 0.775535
2021-07-11 17:00:00 1.379310 1.379310 0.775850
2021-07-10 17:00:00 0.964187 1.461378 0.748624
2021-07-09 17:00:00 0.523560 0.523560 0.748552
2021-07-08 17:00:00 0.720721 0.720721 0.742297
2021-07-07 17:00:00 0.867679 0.867679 0.762191

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-13 17:00:00 1.360021 1.360021 1.180575
2021-07-12 17:00:00 1.080737 2.415766 1.143531
2021-07-11 17:00:00 1.365485 1.365485 1.113980
2021-07-10 17:00:00 0.630734 0.630734 1.079829
2021-07-09 17:00:00 1.006289 1.006289 1.012671
2021-07-08 17:00:00 1.659423 1.659423 0.956657
2021-07-07 17:00:00 0.993271 0.993271 0.916496

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-13 17:00:00 6.680441 3.202479 2.958080
2021-07-12 17:00:00 1.493711 1.493711 3.028669
2021-07-11 17:00:00 5.657238 5.657238 3.108814
2021-07-10 17:00:00 2.192513 2.192513 3.109155
2021-07-09 17:00:00 2.318230 2.318230 3.110642
2021-07-08 17:00:00 4.364184 4.364184 3.132870
2021-07-07 17:00:00 3.066333 3.066333 3.093960

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-13 17:00:00 4.244817 2.319842 2.275931
2021-07-12 17:00:00 7.738998 2.982456 2.134530
2021-07-11 17:00:00 3.532609 3.532609 2.066184
2021-07-10 17:00:00 2.006533 2.006533 1.905132
2021-07-09 17:00:00 2.472128 2.472128 1.787817
2021-07-08 17:00:00 1.637427 1.637427 1.653162
2021-07-07 17:00:00 1.126126 1.126126 1.529016

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-13 17:00:00 3.841060 3.841060 4.632990
2021-07-12 17:00:00 6.004804 6.004804 4.502305
2021-07-11 17:00:00 5.884244 5.884244 4.367567
2021-07-10 17:00:00 4.617605 4.617605 4.255307
2021-07-09 17:00:00 5.784173 5.784173 4.138680
2021-07-08 17:00:00 4.547342 4.547342 3.997119
2021-07-07 17:00:00 2.710768 2.710768 3.841162

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-13 17:00:00 1.625000 1.625000 1.564015
2021-07-12 17:00:00 3.565640 1.555870 1.517510
2021-07-11 17:00:00 1.866152 1.866152 1.482671
2021-07-10 17:00:00 1.485149 1.485149 1.449999
2021-07-09 17:00:00 1.889500 1.889500 1.424144
2021-07-08 17:00:00 2.147099 1.347647 1.387237
2021-07-07 17:00:00 0.850270 0.973525 1.334947

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-13 17:00:00 2.976190 2.976190 2.176019
2021-07-12 17:00:00 2.564103 0.959233 2.141927
2021-07-11 17:00:00 1.477833 1.477833 2.136310
2021-07-10 17:00:00 3.744493 3.744493 2.067483
2021-07-09 17:00:00 3.117506 3.117506 2.017471
2021-07-08 17:00:00 2.663438 2.663438 1.919587
2021-07-07 17:00:00 1.310861 1.310861 1.836934

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-13 17:00:00 0.632911 0.632911 0.440772
2021-07-12 17:00:00 0.000000 0.000000 0.441414
2021-07-11 17:00:00 1.081081 0.270270 0.418110
2021-07-10 17:00:00 0.000000 0.000000 0.485974
2021-07-09 17:00:00 0.763359 0.763359 0.484963
2021-07-08 17:00:00 2.409639 2.409639 0.525686
2021-07-07 17:00:00 0.813008 0.813008 0.612013

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-13 17:00:00 6.082375 2.765805 3.736724
2021-07-12 17:00:00 5.814843 5.814843 3.735320
2021-07-11 17:00:00 4.382889 4.382889 3.687433
2021-07-10 17:00:00 4.467843 4.467843 3.659138
2021-07-09 17:00:00 3.141672 3.141672 3.623618
2021-07-08 17:00:00 2.750092 2.750092 3.550366
2021-07-07 17:00:00 14.598540 14.598540 3.483945

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 2.718287 2.718287 2.613886
Basilicata 1.282051 1.282051 2.849208
Calabria 2.243270 2.243270 2.107795
Campania 4.194941 4.194941 6.884420
Emilia-Romagna 4.782882 4.782882 6.357669
Friuli Venezia Giulia 1.240695 1.240695 1.893408
Lazio 5.502154 5.502154 5.501878
Liguria 1.581278 1.581278 1.342201
Lombardia 3.135571 3.135571 2.028708
Marche 1.674641 1.674641 3.093954
Molise 0.000000 0.000000 0.695593
P.A. Bolzano 8.612440 8.612440 5.239621
P.A. Trento 2.087683 0.835073 0.836269
Piemonte 1.360021 1.360021 1.180575
Puglia 6.680441 3.202479 2.958080
Sardegna 4.244817 2.319842 2.275931
Sicilia 3.841060 3.841060 4.632990
Toscana 1.625000 1.625000 1.564015
Umbria 2.976190 2.976190 2.176019
Valle d'Aosta 0.632911 0.632911 0.440772
Veneto 6.082375 2.765805 3.736724

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

Exported from Italia/Percent_Positive.ipynb committed by maxdevblock on Tue Jul 13 17:10:28 2021 revision 352, 2702051d